Nestorisäätiö tukee saimaannorpan ja Saimaan lohikalojen suojelua monin tavoin. Säätiö on ollut osarahoittajana mittavissa suojeluhankkeissa, kuten EU-rahoitteisissa saimaannorpan suojelua edistävissä LIFE-hankkeissa, saimaanlohen lisääntymisalueen palauttamisessa Kuurnankoskeen sekä vaelluskalojen kannalta merkittävän Louhikosken voimalaitoksen purkamisessa Saramojoella.
Lisäksi säätiö on mm. tukenut useita pienempiä virtavesikunnostushankkeita, saimaannorpan pesälaskentaan osallistuneita vapaaehtoisia, myöntänyt apurahoja opinnäytetöihin, tutkimuksiin ja kirjahankkeisiin, antanut tukea kouluille ja yhdistyksille luontoretkien ja -näyttelyjen järjestämiseen sekä palkinnut koululaisten luontohankkeita.